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nanoString nCounter 실험 대행 서비스

nanoString nCounter Analysis System

 

1.    개요

 -       Nanostring _ nCounter Analysis System prep station Digital analyzer로 구성된 system으로 유전자의 발현 정도 및 chromosome variation을정량 하는데 사용되는 시스템으로 한 번의 실험으로 최대 800개의 유전자에 대해 분석을 진행할 수 있다.

 

2.    원리 

-      nCounter Analysis System target specific 하게 작성된 100mer probe를 이용하여 target 유전자를 detection 하게 되는데, 100mer oligo end에는 각각 biotin color-coded barcode labeling 한다.

  

1.jpg

 

-      나노스트링에서 특허를 갖고 있는 targetspecific reporter probe barcode system 4종류의 dye (Alexa dye 3종류, Cy3)를 길게 늘어트려 barcode 마다 specific signal을 형성할 수 있도록 제작이 되었으며, 최대 800개의 유전자에 대해 specific signal을 형성할 수있도록 제작 되었다.

-      Total RNA 혹은 genomic DNA target gene이 포함되어 있을 경우아래와 같이 hybridization 되며, barcode에서생성되는 specific signal detect 한 후, 동일 signal count 하여유전자의 발현 정도를 정량 할 수 있다.

-      

2.jpg


-      유전자의 발현량은 count number로 표시가되며, 샘플 내에서 유전자의 발현 정도 및 샘플간의 발현 정도를 비교할 수 있다.


philekorea catalogue 표지-완성본.jpg


 

1.    실험 과정 


1)    Probe design 및 합성

-      Gene name, Accession number,Gene sequence 등의 정보를 이용하여 target specific probe 제작

2)    Sample preparation

-      100ngTotalRNA 혹은 200ng~600ng genomic DNA를이용하여 실험 진행

3)    Hybridization

-      100ngTotalRNA 혹은 200ng~600ng genomic DNAprobe mix하여65, 12 시간 동안hybridization 진행

4)    Prep station - Washing

5)    Digital analyzer - Counting

6)    분석 -  nSolver software

 

2.    Application

 

1)    Total RNA

-      mRNA expression assay

-      miRNA expression assay

-      mRNA+ miRNA expression assay

-      Fusion gene assay

-      Single cell assay

-      Non-coding RNA assay

2)    Genomic DNA

-      Copy Number Variation assay

-      Chip-string assay

 

5.    Nanostring_ nCounter Analysis System 만의 특징 


-      실험 과정에 Amplification(RTreaction, PCR), Library 합성 과정이 포함되지 않아 fresh sample 뿐아니라, FFPE 샘플 처럼 degradation 된 샘플에서도quality 높은 결과 도출

-      Highly multiplex: 한 개의 tube에서 최대 800개의 유전자에 대해 발현 정도를 정량할 수있음

-      Digital signal detection 방식으로정확도가 높은 결과 도출

-      Workflow 상에 manual step(5min)이 거의 없고, 모든 과정에 automation 되어 있으며 재연성이 높은 결과 도출

           800개의 유전자에 대해 발현 정도를 정량하는데 2일의시간 소요. 빠른 turn around time

nanoString nCounter analysis system 실험 대행 가이드


1. Gene expression 분석 서비스

- 800개 유전자multiplex

- No amplification

- Low sample amount:100ng

다양한 sample type 적용 가능: FFPE, degraded sample, Cell lysate


2. miRNA 분석 서비스

- 800개 유전자multiplex

- No amplification

- Low sample amount:100ng

다양한 sample type 적용 가능: FFPE, degraded sample


3. Single cell 분석 서비스

800개의유전자 multiplex
 

4. miRGE 분석 서비스

- 100ng total RNA로 mRNA microRNA 동시 분석
 

5. Leukemia Fusion gene 분석 서비스

25개의 fusiongene과 23개의 biomarker 동시실험
 

6. CNV 분석 서비스

한번에  800개의 CNV region 분석

Sample amount:500ng
 

7. ChIP-string  분석 서비스

한번에  800개의 methylation site 분석

 IP sample amount: 5ng
[Seoul]   #A-606B Woorim Lions Valley, 168 GasanDigital1-ro, Geumcheon-gu, Seoul, Korea 08507 / TEL:+82-2-2105-7020 /  FAX:+82-2-2105-7025 / email : info@philekorea.co.kr 
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